Cá tầm chủ yếu sống ở các vùng nước nông, bùn của các con sông có dòng nước chảy hỗn loạn và siết có nền cát hoặc đá cuội ở độ sâu từ 1 mét đến 1,5 mét. Mặc dù cá tầm thìa Amu Dayra là loài cá nước ngọt nhưng chúng có thể chịu một số độ mặn nhất định vì loài này cũng có thể được tìm thấy ở gần biển Aral. Chúng chủ yếu ăn cá nhỏ với ấu trùng côn trùng tạo thành phần còn lại của chế độ ăn. Sinh sản bắt đầu từ cuối tháng 3 đến đầu tháng 5 ở nhiệt độ nước từ 14 đến16 o C. Cơn đực sống từ 5 đến 7 tuổi, còn con cái là 6 đến 8 năm. Khoảng cách giữa các đợt sinh sản kéo dài từ 4 đến 5 năm. Trong lịch sử, loài này dễ dàng lai với các loài khác trong chi Pseudoscaphirhynchus.